Program Studi Falsafah dan Agama mempelajari ilmu agama, dalam hal ini agama Islam, yang ditopang oleh pengenalan terhadap persoalan filosofis. Program ini memberikan konteks kepada ilmu agama terkait dengan perubahan zaman yang menuntut usaha-usaha ijtihad.
Semua permasalahan ilmu pengetahuan mempunyai dimensi falsafah. Para mahasiswa yang mendalami falsafah akan diperkaya, baik dari segi kekritisan dalam menilai suatu cara pandang maupun dalam kemampuan berpikir. Melalui keterbukaan pikiran, kemampuan analisis, dan kekritisan berpikir yang diperoleh dari tradisi falsafah, para mahasiswa diharapkan akan menjadi pemikir Muslim yang dapat mengembangkan pemikiran Islam modern di Indonesia.