Prodi S1 Farmasi UII didirikan pada tahun 1998 dan memperoleh Akreditasi B dari LAM-PTKes pada tahun 2015. Program studi ini bertujuan untuk menghasilkan sarjana farmasi yang islami dan berkualitas bagi peningkatan pelayanan kesehatan serta kreatif dalam menciptakan lapangan kerja kefarmasian dan mampu berkompetisi di pasar global melalui pendidikan saintifik dan profesional. Prodi Farmasi memiliki dua bidang konsentrasi yaitu Farmasi Klinis dan Komunitas, serta Farmasi Sains dan Teknologi. Untuk merespon perubahan paradigma di dalam pelayanan kesehatan dimana semula berorientasi pada produk (drug oriented), sekarang menjadi berorientasi kepada pasien (patient oriented), maka diwujudkanlah keunggulan kompetitif program studi ini di bidang Farmasi Klinis dan Komunitas.